并購后的企業整合是決定并購能否成功的關鍵。由于文化差異、法律法規差異以及管理問題，導致企業并購后難以整合最終失敗的案例很多。比如T C L對法國湯姆遜公司彩電業務的收購，最終由于企業文化和管理方式難以融合，致使收購失敗，對T C L未來發展造成極大負面影響；上海汽車對韓國第五大汽車廠商雙龍汽車的收購，主要為得到對方的SU V技術，當2006年上汽有意和雙龍合作開發SU V車型時，雙龍工會卻向韓國司法當局舉報中國人要“偷”本國技術，從而引起韓國檢察院的調查和勞資糾紛，最終導致收購失敗。
近年來，我國企業雖然有較強的跨國并購意愿，但經常受到不公正待遇，以美國為代表的發達國家通過國家安全審查等多種手段阻撓我國企業在資源性及其他“敏感”技術領域的并購。比如，2010年華為在參加收購2W ire及摩托羅拉無線設備部門的兩起競購案中，雖然報價均遠高于對手公司，但都被美國以安全名義排除在外；2011年，華為在并購美國3LeafSystem過程中，被美國要求剝離收購對象中的科技資產；三一重工在美關聯公司收購風電場也被以影響國家安全名義阻擋。
2012年1月，法國成立了11個委員會，對包括汽車、航空航天、海軍和鐵路運輸、奢侈品、消費者行業、科技、醫療和可再生能源等核心產業進行監督。意大利也將仿效法國，在能源、電信、科技、防務和食品等行業就挫敗不受歡迎的外國并購案進行討論……這些國家對市場經濟行為的干預，造成我國企業通過并購獲取核心技術和知識產權面臨阻礙。
當前，跨國并購作為我國實現技術進步重要途徑的作用日益顯著，但由于對通過并購實現技術引進或技術集成獲得技術突破的路徑缺乏有效引導，使之難以發揮推動我國科技創新的有效作用。