英國(guó)牛津大學(xué)研究群體演化的安迪·加德納就是反對(duì)者之一。他說(shuō)：“我想說(shuō)，大部分演化生物學(xué)家都會(huì)同意，（宿主與微生物之間）肯定存在大量合作，但它們之間也有沖突，微生物有時(shí)也會(huì)對(duì)宿主做一些不利的事情，因此我不太傾向于把它們納入一個(gè)整合的生物體。”

　　對(duì)此持懷疑態(tài)度的人們還有另外一條理由——這是早已被證明的“錯(cuò)誤”結(jié)論。19世紀(jì)初，讓·巴蒂斯特·拉馬克曾提出一套演化理論，認(rèn)為生物能夠把有生之年里獲得的適應(yīng)性特征傳給后代。盡管達(dá)爾文也有過(guò)類似想法，但隨著現(xiàn)代遺傳學(xué)的發(fā)展，這樣的觀點(diǎn)已經(jīng)被推翻了。

　　但羅森伯格堅(jiān)持：動(dòng)物有時(shí)候能夠把后天獲得的特征遺傳下去，這個(gè)過(guò)程是可以用實(shí)驗(yàn)來(lái)驗(yàn)證的。羅森伯格與學(xué)生嘗試重復(fù)了一項(xiàng)前人的實(shí)驗(yàn)——改變果蠅的飲食，觀察其后代是否會(huì)改變擇偶標(biāo)準(zhǔn)。他們發(fā)現(xiàn)，兩代之后，以糖漿為食的果蠅不再與以淀粉為食的果蠅交配。但使用“利福平”殺死果蠅的細(xì)菌后，“淀粉果蠅”與“糖漿果蠅”又交配在了一起。這或許說(shuō)明，微生物對(duì)宿主的繁殖和擇偶非常重要。

　　盡管自然選擇解釋了物種如何隨時(shí)間變化，但對(duì)解釋新物種最初如何產(chǎn)生這個(gè)問(wèn)題卻束手無(wú)策。達(dá)爾文在《物種起源》中也沒(méi)有講清楚這個(gè)問(wèn)題。

　　一般而言，生物學(xué)家把一群能夠相互交配產(chǎn)生后代的相似生物定義為一個(gè)物種。這樣也意味著，任何能夠阻止生物種群交配的因素，都有可能導(dǎo)致新物種的形成，例如一條山脈的崛起；一座島嶼同大陸的分離；擇偶偏好的改變；某種基因突變導(dǎo)致兩個(gè)品種雜交產(chǎn)下的后代無(wú)法存活……盡管這其中的大多數(shù)細(xì)節(jié)都還存在大量爭(zhēng)議，但如果飲食變化導(dǎo)致腸道細(xì)菌的改變，進(jìn)而影響了果蠅擇偶的偏好，那么從理論上講，這就有可能導(dǎo)致一個(gè)物種一分為二——出現(xiàn)新的物種。

　　這種情況還有待證明。美國(guó)斯沃斯莫爾學(xué)院的演化生物學(xué)家斯科特·吉爾伯特就對(duì)此提出了質(zhì)疑，“我認(rèn)為我們還沒(méi)有任何證據(jù)能夠證明，確實(shí)有物種由于微生物而形成”，“我還得不出那樣的結(jié)論”，“我只能說(shuō)，共生生物有能力提供可以被自然選擇的多樣性。”美國(guó)芝加哥大學(xué)的演化生物學(xué)家杰瑞·科因非常贊同斯科特·吉爾伯特的觀點(diǎn)，“我?guī)缀跽也坏饺魏蝺?nèi)共生菌導(dǎo)致物種形成的例子，卻能列出一大堆生物基因改變產(chǎn)生新物種的例證。”

　　美國(guó)紐約賓漢頓大學(xué)研究群體選擇的戴維·斯隆·威爾遜也認(rèn)為，就算真的證明共生微生物在新物種的形成過(guò)程中起著重要作用，那也不一定就支持把生物看成是“擁有全基因組的超有機(jī)體”這一觀點(diǎn)——物種形成可能只是微生物操縱宿主而帶來(lái)的副產(chǎn)物，并不是微生物和宿主為了共同利益一起演化的結(jié)果。

　　對(duì)于這些質(zhì)疑，羅森伯格的回應(yīng)是：“話說(shuō)得沒(méi)錯(cuò)，但我們的研究才剛剛開始。”羅森伯格認(rèn)為現(xiàn)在甚至不知道大多數(shù)動(dòng)物身上都有哪些微生物，更不用說(shuō)理解它們?cè)谶M(jìn)化中所起的作用了。“我們以往傾向于把微生物與核基因分開對(duì)待，但我認(rèn)為現(xiàn)在的一些研究證明微生物與核基因組同樣重要。”波登斯坦說(shuō)，“至少目前來(lái)看，復(fù)雜生命的‘共生’概念，還會(huì)在基礎(chǔ)生物學(xué)和生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域長(zhǎng)久地存在下去。”